是的。
1)样本制备中的问题:跑胶本⾝会有蛋⽩轻微的交叉污染，蛋⽩条带的扩散等；质谱检测灵敏度很⾼，对于出现上述交叉污染的蛋⽩，即使含量较低，也会被检测到；
2)测到的肽段匹配到蛋⽩上。由于不同的蛋⽩会出现部分序列相似的情况，那么该肽段同时也存在并可能匹配到其他蛋⽩上，所 以就会有⾮客户⽬标分⼦量的蛋⽩。建议：由于客户切割的蛋⽩为某⼀分⼦量范围，所以该分⼦量范围内的蛋⽩含量是相对⽐较⾼的。可以通过先对蛋⽩相对定量值进⾏排序(由⼤到⼩)，然后再按照此排序，找客⼾需要分⼦量范围的蛋⽩。
对照组和处理组实验设计是否有问题，基因敲除是否⼲净，是否有补偿调控等等；样本跑胶时出现了不同程度的污染，泳道之间也会有残留，此类污染到的蛋⽩定量值应该偏低。
(1)pH值2-3的⽢氨酸buffer洗脱，⾮氧化还原反应；
(2)加⼊loading buffer煮沸；
(3)小肽竞争结合，⼀般适⽤于标签蛋⽩的IP富集。
合并搜库：是指客⼾的样本上机结束后，所有样本的下机数据数据进行合并搜库，搜库完成后，所有的样本数据会展⽰在同一张表里，出⼀份结题报告；
优点：数据合并搜库，搜库的定量数据均⼀性好，系统误差小，便于客⼾将不同样本进⾏⽐较分析其的表达量情况；
缺点：所有的样本数据会展⽰在同⼀张表⾥（鉴定结果及功能注释结果都放在⼀起展⽰），不便于客⼾单独查看每个样本的蛋⽩情况，比如覆盖度或者unique肽段情况（即数据不好拆）；
分开搜库：是指客⼾的样本上机结束后，所有样本的下机数据数据单独搜库，搜库结束后，且会单独出结题报告。不同的样本的数据会放在不同的表中进⾏结果展⽰；
优点：每个样本都有⾃⼰单独的鉴定的结果⽂件，便于客⼾单独查看每个样本的蛋⽩情况；缺点：⽆法对不同的样本进⾏⽐较分析，因为分开搜库的样本数据之间⽆法对不同样本进⾏均⼀化处理，无法放在⼀起分析；
建议：10个样本以下分开搜库；10个样本以上的样本合并搜库，合并分析（节省⽣产成本）。
可以，若蛋⽩含量太低可以送多个胶条，但是胶条太⼤会增加实验成本，需要额外收费。
质谱的灵敏度⾮常⾼，实验环境中会有⽆法避免蛋白的污染，当样本中⽬标蛋⽩含量较低时杂质蛋⽩就凸显出来，通常为⻆蛋⽩污染，⼀般建议删掉杂质蛋白即可。
