检测通量
一次性检测6-18个样本，大队列样本需每批加入1-2个相同样本作为内参；
适用范围
擅长复杂样本定量分析，不适用于不同组织器官类型样本混合检测；
重复性好
所有样本混合上机，同时进行质谱检测；
缺失值少
为后续生物信息学分析提供丰富的数据；
注意事项
具有比值压缩效应，蛋白质差异倍数有一定程度压缩。
临床大队列样本的疾病分型、生物标志物发现；生理、病理及感染免疫的机制研究；药物的研发与药效评估
动植物的生长发育、遗传育种及生态保护研究；生物对环境的适应及胁迫抗逆的机制研究；营养与饲料成分的分析与优化
食品营养价值与品质的分析鉴定；产品成分的分析与优化；食品安全的提升
提供timsTOF HT、timsTOF Pro2、Orbitrap Astral、Orbitrap Exploris™ 480、Q Exactive HF-X、Orbitrap Eclipse等多种质谱平台选择；
提供DIA、dDIA、LFQ、TMT等多种定量方法选择。
项目经验涵盖多物种、多组织器官类型及多疾病类型，包括：
100+种人类器官、组织、细胞及疾病类型；
60+种小鼠器官、组织、细胞及疾病类型；
60+种医学、农牧领域模式动物及非常见动物样本；
60+种药物、农牧领域模式植物及非常见植物样本；
60+种细菌、真菌等微生物样本。
与100+所医院、研究所等单位建立深度合作；
合作文章累积影响因子300+，发表于多部医学、生物学、植物等领域期刊。
发表期刊：Molecular Plant
影响因子：17.1
发表单位：中国科学院昆明植物研究所
发表时间：2019.12.05
| 样本类型 | 送样量 | |
| 动物组织 | 常规组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉等柔软组织） | 20 mg |
| 坚硬组织（软骨、毛发） | 200 mg | |
| 植物组织 | 柔软组织（木本植物的叶、花等，草本植物，藻类，蕨类植物） | 300 mg |
| 坚硬组织（根、树皮、树枝，果实种子等） | 3 g | |
| 微生物 | 常见细菌、真菌菌体（菌体沉淀）、精细胞 | 50 μL |
| 细胞 | 悬浮/贴壁培养细胞（细胞计数/沉淀） | 5×106或20 μL |
| 液体类 | 血浆/血清（不去除高丰度） | 10 μL |
| 血浆/血清（去除高丰度-伯乐） | 300 μL | |
| 血浆/血清（去除高丰度-TOP2/TOP14） | 50 μL | |
| 脑脊液（不去除高丰度） | 200 μL | |
| 脑脊液(去除高丰度-TOP2/TOP14) | 500 μL | |
| 卵泡液（不去高丰度） | 200 μL | |
| 卵泡液（去除高丰度-伯乐）、尿液，精液 | 2 mL | |
| 淋巴液、关节液、穿刺液、腹水 | 5 mL | |
| 唾液/泪液/乳汁 | 1 mL | |
| 培养基上清（不能使用含血清的培养基） | 10 mL | |
| FFPE | 每片厚度10 μm，面积1.5×2 cm | 10-15片 |
| 其他 | 蛋白溶液（最佳Buffer是8M Urea） | 30 μg |
使用不同的标记试剂对不用的样本进行标记，使肽段上带上不同的标签，但是总质量保持一致，因此不同样本中的同一肽段的理化性质是一致的，在液相色谱中在同一个保留时间流出。在二级质谱中，标记试剂和肽段间的化学键发生断裂，报告离子峰被质谱采集到，报告离子的峰面积即能反映出某肽段在当前样本的含量，因此通过比较不同报告离子的峰面积就能找到某个肽段在不用样本中的表达差异。
通过试剂对不同来源样品进行标记，实现不同样品间蛋白质组比较，一次性完成全部样品的定性定量分析，降低了实验误差，排除仪器造成的样本间差异，稳定性更高，操作简单，数据分析流程简单，适用于所有物种蛋白的定量分析。
因为TMT试剂特点，样本实际的差异倍数会有压缩现象。因此差异倍数一般在1.2，就可以说明差异足够明显，而LFQ、DIA一般差异倍数可达到1.5倍。
平行反应监测（PRM）能够对目标蛋白质或肽段进行选择性检测，不受抗体与种属限制，是质谱界的Western blot
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