酶解后⽤nanodrop对肽段定量，取1μg肽段溶液上机检测。
高pH反相⾊谱根据肽段的理化性质不同，通过调节流动相的极性来完成对复杂多肽样本的分离。将⼀个样本分离成多个馏分，分别上机检测，能够有效的提⾼鉴定深度，提⾼鉴定蛋⽩鉴定数量。
看SDS-PAGE电泳图条带丰富，分布基本均匀，清晰，蛋⽩⽤量充足。同组生物重复样本，条带基本⼀致，没有降解，如果有高丰度条带，需要进⾏特殊处理。
实验⽅法原因：电泳压力太大；缓冲液配制时间过⻓；上样前样品加热不充分；
样本原因：样本盐浓度太⾼；样本上样量太⼤；样本溶解不完全；样本有降解。
①样本收集过程中处理不当，如样本收集操作时间较长，没有在冰上操作。蛋⽩酶处于活性状态，未加⼊变性剂或蛋⽩酶抑制剂。
②引入了较多杂质，如发酵液引入；植物根叶清洗后没有吸收多余的水分，处理过程温度较⾼等。
③样本反复冻融。
部分样本（⼈的⾎液）可以通过去除⾼丰富蛋⽩的试剂盒Proteominer去除，通过标准SDS-PAGE验证去除效果；还可以通过跑胶检测，切除⾼丰度条带。但可能会滤掉部分的低丰度蛋⽩。我们公司⼀般采⽤与样本相对应的试剂盒来去除⾼丰度蛋白。
含有⾼丰度蛋⽩样本：血液（⽩蛋⽩）、唾液（淀粉酶）、脑脊髓液（白蛋⽩）、卵泡液（⽩蛋⽩）、肌肉组织（肌蛋⽩）等通常情况下，由于质谱shotgun采集原理，⾼丰度蛋⽩会影响低丰度蛋白的检出，导致最终鉴定出来的蛋⽩数⽬（尤其是低丰度蛋白）偏少。⼀般情况为了还原样本的原始情况，我们不建议去除高丰度 ，而是选择非标定量⽅法进行分馏分上机。
