TMT试剂标签之间的质量差额在0.006Da左右，需要质谱⼆级分辨率在50K以上才能准确分辨出不同的报告离⼦，因此只有在⾼分辨质谱仪上才能完成标记定量实验。主流仪器有Thermo fisher QE系列质谱仪、fusion系列质谱仪、AB sciex QTOF系列质谱仪。
通过不同分⼦量的实际对不同来源样品进⾏标记的⽅式，实现不同样品间蛋⽩质组⽐较的⽬标，两种⽅法都⼀次性完成（iTRAQ 8个/TMT 16个）全部样品的定性定量分析，降低了实验误差，排除仪器造成的样本间差异，稳定性更⾼，操作简单，数据分析流程简单，适⽤于所有物种蛋⽩的定量分析。
TMT（Tandem Mass Tag）和iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术分别是由美国Thermo公司和AB SCIEX公司研发的多肽体外标记定量技术，是⽬前运⽤最⼴泛的两种标记定量蛋⽩质组技术，具有相似的原理。两主要区别在于：TMT最⾼可同时标记16组不同的⽣物样品，iTRAQ最⾼可同时标记8组不同的⽣物样品。
A、使⽤不同的标记试剂对不⽤的样本进⾏标记，使肽段上带上不同的标签，但是总质量保持⼀致，因此不同样本中的同⼀肽段的理化性质是⼀致的，在同⼀个保留时间流出。
B、在⼆级质谱中，标记试剂和肽段间的化学键发⽣断裂，报告离⼦峰被质谱采集到，报告离⼦的峰⾯积即能反映出某肽段在当前样本的含量，因此通过⽐较不同报告离⼦的峰⾯积就能找到某个肽段在不⽤样本中的表达差异。
Thermo Scientific串联质谱标签试剂Tandem Mass Tag（TMT）reagents），专为通过串联质谱（MS）对不同样品中的蛋⽩质进⾏鉴定和定量⽽设计。⼀组标签试剂⾥的所有标签，均带有相同的质量（例如：同质），化学结构则由⼀个胺反应性的NHS酯基团，间隔臂（质量调整区）和质量报告基团（图1）组成。
相对和绝对定量同位素标记（isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ）技术是美国应⽤⽣物系统公司与2004年推出的⼀种蛋⽩组定量分析技术。iTRAQ包括三部分：报告基团（reporter group），平衡基团（balance group），肽反应基团（peptide reactive group）。报告基团（reporter group）：质量分别为113.1Da、114.1Da、115.1Da、116.1Da、117.1Da、118.1Da、119.1Da、121.1Da。平衡基团（balance group）：质量分别为192Da、191Da、190Da、189Da、188Da、187Da、186Da、184Da，使得四种iTRAQ试剂报告基团和平衡分⼦的总分⼦量均为305.1Da，⽆论使⽤哪种iTRAQ试剂，不同同位素标记同⼀肽段后在⼀级质谱中，分⼦量完全相同，呈现的都是同⼀峰值。肽反应基团（peptidereactive group）：将reporter group与肽N端及赖氨酸侧链连接，从⽽将报告基团和平衡基团标记到肽段上，⼏乎可以标记样本中所有蛋⽩质。
蛋⽩质⾮标记定量技术（Label-Free）是⽆需使⽤同位素标签的，只需分析⼤规模鉴定蛋⽩质时所产⽣的质谱数据，⽐较不同样品中相应肽段的信号强度，从⽽对肽段对应的蛋⽩质进⾏相对定量。Label-Free的技术优势就在于蛋⽩质不需要进⾏标记，所需 样品总量少 ，耗费低。⽆样本数量限制 ，但是建议多次（三次以上） 重复。
