因为标记类产品（iTRAQ、TMT）本⾝试剂特点，样本实际的差异倍数会有压缩现象。因此差异倍数⼀般在1.2，就可以说明有差异⾜够明显，而对于非标记类的产品如labelfree、DIA,⼀般差异倍数要达到1.5才能说明问题。
iTRAQ/TMT是混样上机的，数据质控是以run（即开始分的馏分）为单位分析。获得的总蛋⽩是所有上机样本的共有蛋⽩。所以没有办法再单独分析。
这主要是由于iTRAQ/TMT的技术特点所决定的。标记定量的数据分析都是基于共有蛋⽩进行的，特有蛋白会被过滤掉，无法进⾏后⾯数据分析，因此不能⽤于差异较⼤的物种或样本。
设置内参通道是为了保证校正不同run之间信号和仪器状态差异，减⼩系统误差，从⽽使得不同run的样本能够⼀起进⾏数据分析。mix样本是用所有需要⼀起进⾏数据分析的样本混合物。
同⼀批上机的样本必须是相同物种、相同组织类型才能⼀批上机和⼀起分析。搜库时是鉴定其共有蛋⽩，差异分析也是共有蛋⽩在定量值上的差异倍数FC。如果选择不同样本类型的样本，他们的特异性蛋⽩就会被过滤掉。
iTRAQ&TMT适⽤于相同组织的相对定量分析，不能进⾏有或⽆的鉴定，不能将不同的组织部位⼀起标记上机，更不能将不⽤物种的样本⼀起上机；对蛋⽩总量需求较LFQ要⾼，100ug以上。
蛋⽩质提取，出具蛋⽩质控报告，反馈客户，肽段酶解，多肽标记，HPLC分馏分，质谱数据采集，数据分析出具结题报告。
