现在，基于质谱的蛋白质组学技术已经成为了生物医学领域研究的中坚力量。然而，当面对琳琅满目的质谱平台时，我们也常常会陷入选择困难的境地。今天，就让我们一起比较不同质谱仪的实测数据，解决这一困扰各位老师已久难题！
用于蛋白质组学的商用质谱仪开发时间表（2011年后）
上表展示了近年市面上常见的质谱仪的参数。质谱检测包含许多环节，每个部件的优化都能带来相应的提升，而诸如Bruker公司的timsTOF系列质谱仪更是增加了离子淌度（ion mobility）分离单元，额外增加了一个维度的分离，从而用别样的形式大大提升了质谱检测的分辨率。
如果一个个比较不同质谱仪的参数，未免令人眼花缭乱，而且由于不同类型质谱仪的设计不同，单纯比较参数获得的结果是片面的。不过我们可以化繁为简，用更加直观的方式对不同质谱仪进行比较。
小鼠脑组织样本不同质谱仪常规时间梯度DIA鉴定数据
人血浆样本不同质谱仪常规时间梯度DIA鉴定数据
以上数据比较了市面上常见质谱仪在常见上机时长时的组织和血液样本鉴定深度。可以看到在Orbitrap Astral风靡的当下，无论是七年前发布的Q Exactive HF-X还是两年前发布的timsTOF HT依然表现出稳定的发挥。而最新发布的Orbitrap Astral虽然能够在8 min的短梯度中鉴定出相当可观的蛋白数，但无论是与自身更长时间梯度，还是与其他仪器横向对比，短梯度导致的鉴定深度不足问题依旧难以完全规避。
质谱仪的选择固然重要，但更重要的是如何利用仪器进行深入的蛋白质组学研究。综合以上信息，我们可以得出结论：在蛋白质组学检测中，市面上多种质谱仪在常规时间梯度都具有足够的能力满足科研需求，但热度最高的Orbitrap Astral 8 min却难以达到符合预期的深度。可见与多数其他领域类似，新仪器的热度不应成为牵着用户鼻子走的绳索，适合自己的平台与服务才更为关键。
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